ฟักทองอุดมไปด้วยวิตามินและแร่ธาตุมากมายที่มีประโยชน์ต่อร่างกาย เช่น วิตามินเอ วิตามินบี 1 วิตามินบี 2 วิตามินบี 3 วิตามินบี 5 วิตามินบี 6 วิตามินซี วิตามินอี ธาตุฟอสฟอรัส ธาตุแคลเซียม ธาตุโพแทสเซียม ธาตุโซเดียม ธาตุแมงกานีส ธาตุเหล็ก ซิงค์ เป็นต้น
แม้จะมีประโยชน์ต่อร่างกายอยู่มาก แต่การรับประทานอย่างไม่เหมาะสมก็อาจเกิดโทษได้เช่นกัน เนื่องจากฟักทองนั้นมีฤทธิ์อุ่น ไม่เหมาะกับผู้ที่กระเพาะร้อน เช่น ผู้ที่มักมีอาการกระหายน้ำ ปัสสาวะเหลือง ท้องผูก มีแผลในช่องปาก เหงือกบวมเป็นประจำ เป็นต้น ซึ่งผู้ที่มีอาการเหล่านี้ไม่ควรรับประทานฟักทองในปริมาณที่มากเกินไปหรือบ่อยเกินไป แม้กระทั่งในคนปกติเองก็ตาม ก็ไม่ควรรับประทานอย่างไร้สติ เพราะอาจจะทำให้เกิดอาการท้องอืด ท้องเฟ้อ ไม่สบายท้องได้
